《东京幻想乡》这部作品是以“东京”为舞台的现代剧，玩家将会在东京郊外的多摩地区以架空的都市“社宫市”展开剧情。游戏分为现代部分和异界部分，现代部分中玩家将可以在学园和商店等设施之间进行探索从而发展事件推进剧情。
游戏背景
游戏的舞台定位于杜宫市，这是位于东京郊外多摩地区的40万人口的核心市。除了大规模的商业区和办公区以外，还拥有着众多保存完好的历史建筑。交通方面，杜宫站共有3条铁路，另外还有都营的单轨道交通系统纵贯犀玉、多摩地区和神那川。另外，杜宫市西北有国营设施杜宫纪念公园。
游戏序章
──这一天、“日常”突然消失了。
居住在东京郊外杜宫市的17岁平凡高中生时坂洸在一天打工后回家的夜路上，在旧市街遭遇了事件。
柊明日香，4月才编入班级的归国子女。这位容姿端丽、明朗快活的受欢迎的班长，被性格糟糕的不良们缠上了，正准备被带走。
『为什么在这个时间......』
一边抱怨着，一边下定决心追向小角落的洸。
结果在那里——
洸看到了无法想象是在这个世界里的出现的恐怖且美丽的空间与被无法形容的怪异吞噬的不良少年们，而在从虚空中还有一位取出散发着鬼火一般的青色光辉的“剑”的少女。