《永夜协奏曲》的故事发生在十世纪初，作为西大陆上最大宗教组织的伊尔学会使用了禁忌的魔法，击败了他们的死敌，成功统一了整个大陆的信仰。但是却带来了巨大的后遗症，那就是使得神的力量迟迟无法散去，长时间遮蔽着天空，让阳光无法照射到地面。整个西陆在此后的100多年里一直处于黑夜笼罩的状态，这段黑历史就被称作为“永夜”。
主角塞法是一个孤儿，他的亲生父母都是宗教革命的牺牲品。后来，他被伊尔学会的一个很有权势的名门收养，成为尊贵的三公子。他的大哥是枢密卿，而二哥则是千骑长。作为被寄予厚望的贵族，塞法从小被按照学会正统流程培养，将来继承家业。但是隐藏在塞法沉稳性格下的内心，却期望着叛逃出这个家族的牢笼。
在一次任务中，塞法结识了一位东陆少女。这名少女名叫安雪，实际上的身份是东陆一个小国的公主、以及宗教抵抗组织的一位炼金师。在安雪的引导下，塞法一步步的开始发现了自己身世的秘密，同时，他和安雪的关系也一步步的靠近。