《忍者龙剑传3》的故事发生在2代之后，游戏将更多的聚焦展示隼龙性格中黑暗的一面，杀戮在《忍者龙剑传3》中不像系列前作那般轻易，游戏制作人称玩家 在使用剑切过敌人身体骨骼时会感觉到剑得速度会变慢，Yosuke表示，“你会真实的感受兵器切过人体的那个过程。这其中还夹杂着骨头断裂的声音。相比2 代中的肢解，我们这次更为注重的是砍人的感受。”
背景故事
在故事开端，恐怖份子占领伦敦白宫，并指名交出龙隼。龙隼在日本政府的委托下来到伦敦准备揪出幕后黑手，经过一连串的冲突，龙隼于白宫中遇到自称“假面导师”的男子。龙隼虽然在一番激烈的对决后击败假面导师，但假面导师也在龙隼手臂施下一道杀人者的诅咒“人杀しの业”，此诅咒会不断侵蚀宿主，最终使宿主死亡。另一方面，一股阴谋也在背地里悄悄进行着，龙隼必须忍受着诅咒的折磨，贯彻龙族正义拯救世界。
游戏特色
本作颠覆以往的游戏系统，魂系统取消、补给品取消、无升级要素。初版上市仅有一种武器“日本刀”(Katana)，随着剧情获得新招式。新的“断骨”系统为本作强调的重点，游戏中镜头会拉近日本刀砍进敌人身躯的画面，制作团队于开发日志影片中，表示此设计是为了让玩家感受“刀身砍过骨头的真实感”。本作仅有一把武器受到玩家猛烈的批评，官方于日后释出“硬壳猛禽爪”与“闇月镰刀”的免费 DLC 供玩家下载。